石狩湾新港の港湾管理者は、昭和47年10月から昭和53年3月まで北海道が単独で行ってきましたが、昭和53年4月1日、本港湾区域に地先水面を有する小樽市と石狩町（現 石狩市）が共同管理者として加わり、北海道との３者による石狩湾新港管理組合（一部事務組合）が設立され、今日に至っています。

※一部事務組合とは複数の地方公共団体が、その事務の一部を共同して処理するために設ける特別地方公共団体のこと。