石狩湾新港の港湾管理者は、昭和47年10月から昭和53年3月まで北海道が単独で行ってきましたが、昭和53年4月1日、本港湾区域に地先水面を有する小樽市と石狩町（現 石狩市）が共同管理者として加わり、北海道との３者による石狩湾新港管理組合（一部事務組合）が設立され、今日に至っています。