石狩湾新港从1972年10月到1978年3月由北海道政府单独担任港湾管理者。1978年4月1日起，拥有本港湾区域地面和海面所有权的小樽市及石狩町（现：石狩市）作为共同管理者与北海道政府三方联合成立了石狩湾新港管理组合（部分事务组合），并延续至今。